Συνεχίζουμε με το 2ο μέρος της αναδρομής στην Ευρωπαϊκή πορεία του Απόλλωνα. Αφού καλύψαμε τις πρώτες απόπειρες, προχωράμε στις επόμενες προσπάθειες.
Από τη Λιέγη στη Μαριγιάμπολε (Μέρος 1ο)
Οι απαρχές της δεκαετία του `90 βρήκαν τον Απόλλωνα να κατακτά την πρώτη πρόκριση για Κύπελλο Πρωταθλητριών 1991-92 επί της ΦΚ Ουνιβερσιτάτεα Κραϊόβα και να σταματά στον δεύτερο γύρο από τον Ερυθρό Αστέρα. Την επόμενη σεζόν για το Κύπελλο Κυπελλούχων γνώρισε τον αποκλεισμό από τη Λίβερπουλ του Ρας και του Μακμάναμαν με συνολικό συντελεστή 8-2. Ωστόσο πήρε μεγάλη πρόκριση επί της Βατς ΦΚ στο Κύπελλο ΟΥΕΦΑ τη σεζόν 1993-1994.
Στην επόμενη φάση της διοργάνωσης αντιμετώπισε την Ίντερ από την οποία έχασε με 1-0 εκτός έδρας αλλά έφερε ισοπαλία 3-3 στην έδρα του. Η Ίντερ στη συνέχεια κατέκτησε το τρόπαιο με πρωταγωνιστή τον Ολλανδό Ντένις Μπερκαμπ ( μέλος εκείνης της ομάδας ήταν ο νυν τεχνικός του ΑΠΟΕΛ Πάολο Τραμετζάνι).Το 1995 πήρε ακόμη μια πρόκριση επί της Αλβανικής Ντούρες, η Σιόν μετέπειτα τον άφησε εκτός ευρωπαϊκής συνέχειας, με την ομάδα της Λεμεσού να κάνει μία τεράστια εμφάνιση στην Ελβετία και να αγγίζει τη πρόκριση (αποκλείστηκε στη παράταση).
Το 1996 ο Απόλλωνας συμμετείχε στους ομίλους του Ιντερτότο όπου και τέθηκε αντιμέτωπος με τη Βέρντερ Βρέμης, τη Τζουργκάρντεν, τη Τοφτίρ και τη Λασκ Λιντς. Με μόλις μια νίκη (επί της Τοφτίρ) και τρεις ήττες αποκλείστηκε από τη συνέχεια της διοργάνωσης. Στο Κύπελλο Κυπελλούχων 1998-99 ο Απόλλωνας κατάφερε για πρώτη φορά να αποκλείσει δύο αντιπάλους τη Λιθουανική Εκράνας και στον επόμενο γύρο την Γιάμπλονετς για να σταματήσει η πορεία του απέναντι στον Πανιώνιο.
