Μέρος τρίτο του ευρωπαϊκού οδοιπορικού του Απόλλωνα. Είναι τα όσα συνέβησαν στον 21ο αιώνα,. Που ξεκίνησε με δυσκολίες και κάποιες αναποδιές, αλλά στη πορεία ήρθαν μεγάλα πράγματα.
Τη σεζόν 2001-2002 για το κύπελλο Ουέφα απέκλεισε την αλβανική ΚΦ Τίρανα όμως στον επόμενο γύρο δεν είχε τύχη με τον Άγιαξ όπου άρχισε ν’ ανατέλλει το άστρο του Ζλάταν Ιμπραχίμοβιτς. Η επάνοδος του Απόλλωνα στην Ευρώπη και μάλιστα ως πρωταθλητή μετά από 5 χρόνια απουσίας δεν συνδυάστηκε με επιτυχία καθώς αποκλείστηκε από την Κόρκ Σίτι στα προκριματικά του ΟΥΕΦΑ Τσάμπιονς Λιγκ . Αλλά και 4 χρόνια αργότερα για το Κύπελλο Ουέφα όπου θ’αποκλειστεί από τη ρωσική Σιμπίρ.
Η αφετηρία της Νίκαιας
Η περίοδος 2013-14 αποτελεί την πρώτη εκ των σπουδαιότερων περιόδων της ιστορίας του λεμεσιανού συλλόγου. Ξεκινώντας από τα πλέι-οφ του Γιουρόπα Λιγκ κατάφερε να αποκλείσει την γαλλική Νις (2-1 συνολικό σκόρ) και να προκριθεί στους ομίλους της διοργάνωσης. Αντίπαλοι του ήταν η Λάτσιο, Λέγκια Βαρσοβίας και Τραμπζονσπόρ. Οι «κυανόλευκοι» τερμάτισαν στην 3η θέση και αποκλείστηκαν. Πέτυχαν μία νίκη, στην Πολωνία επί της Λέγκια με 0-1 και μια ισοπαλία 0-0 με τη Λάτσιο.
Την είσοδο τους στους ομίλους πανηγύρισε και την αμέσως επόμενη περίοδο (2014-2015) ο Απόλλωνας Ξεκινώντας και πάλι από τα πλέι-οφ του Γιουρόπα Λιγκ απέκλεισε τη Λοκομοτίβ Μόσχας. Στον πρώτο αγώνα οι δύο ομάδες έμειναν ισόπαλες 1-1. Ωστόσο στον επαναληπτικό ο Απόλλωνας πήρε τεράστια νίκη κερδίζοντας στη Μόσχα την «Ομάδα των σιδηροδρομικών» με 4-1. Στους ομίλους τέθηκε αντιμέτωπος με τη Ζυρίχη, τη Βιγιαρρεάλ και τη Μπορούσια Μενχενγκλάντμπαχ. Στον πρώτο αγώνα, κατάφερε να πετύχει την πρώτη του εντός έδρας νίκη σε ομίλους, κερδίζοντας τη Ζυρίχη με 3-2. Στα υπόλοιπα πέντε παιχνίδια ωστόσο δέχθηκε ισάριθμες ήττες και αποκλείστηκε.
Η επάνοδος για τον Απόλλωνα στην Ευρώπη ήρθε έπειτα από αποχή δύο χρόνων όπου και κατάφερε να ξαναβρεθεί στους ομίλους του Γιουρόπα Λιγκ τη σεζόν 2017-18. Οι «κυανόλευκοι» κληρώθηκαν στον όμιλο μαζί με τις Λυών, Έβερτον και Αταλάντα. Με τρεις ισοπαλίες και τρεις ήττες τερμάτισαν τελευταίοι στον όμιλο.
Κατά την περσινή περίοδο η ομάδα του Σωφρόνη Αυγουστή πήρε εκ νέου το εισιτήριο για τους ομίλους της διοργάνωσης καθώς απέκλεισε με σειρά τη Ζελένιτσαρ την Ντιναμό Μπρέστ αλλά και τη Βασιλεία. Είχε μια δύσκολη κλήρωση στον όμιλο μαζί με τις Μαρσέιγ, Άιντραχτ Φραγκφούρτης και Λάτσιο. Ωστόσο κατάφερε να μαζέψει επτά βαθμούς (νίκες με Λάτσιο και Μαρσέιγ, μία ισοπαλία και τρεις ήττες) τερμάτισε στην τρίτη θέση και αποχαιρέτησε τη συνέχεια.
